甲醇合成催化剂在甲醇生产过程中起着关键作用，但不同类型的催化剂也存在一些缺点，主要包括以下几个方面：

1. 易受污染物影响：催化剂对气体中的杂质和污染物较为敏感，尤其是铜基催化剂，其表面吸附能力相对较弱，容易受到硫、氯等化合物的污染，导致催化剂中毒失活，降低催化活性和寿命。特别是Cu/ZnO/Al2O3催化剂，对硫非常敏感，硫杂质的存在会显著降低催化剂的活性。

2. 使用寿命相对较短：与国外的低压合成甲醇催化剂相比，国内铜基催化剂的寿命通常较短，一般为12年，而国外催化剂的寿命可以达到34年。这增加了企业的生产成本和更换催化剂的频率。

3. 低温活性不足：国内铜基催化剂在低温下的活性较差，可能影响甲醇的合成效率。

4. 热稳定性和强度较弱：无论是铜基催化剂还是其他类型的催化剂，其热稳定性和强度相对较弱，容易在高温或长时间运行过程中发生性能下降或失效。

5. 操作条件要求高：甲醇合成催化剂对操作条件（如温度、压力、气体组分等）较为敏感，操作不当或条件波动可能导致催化剂性能下降或失效。

6. 装填难度大：某些甲醇合成工艺（如Lurgi工艺）中，催化剂装填在管内，装填难度较大，且需要分层进行，耗时较长。

7. 设备复杂：甲醇合成塔结构复杂、材质要求高、制造难度大，对设备厂商要求高。此外，设备体积相对庞大，运输和检修也较为困难。

8. 可能导致产品中乙醇含量过高：在某些情况下，甲醇合成催化剂可能导致甲醇产品中乙醇含量过高，影响产品质量和市场竞争力。

9. 加氢活性低：锌铬铝催化剂虽然具有较高的甲醇选择性和表面吸附能力，但其加氢的活性较低，这会影响甲醇的生产率。

10. 水冷器结蜡问题：在实际应用中，甲醇合成催化剂可能面临水冷器结蜡的问题，这会影响催化剂的活性并导致生产故障。